海正中央研究开发院拥有国家认定的企业技术中心和博士后科研工作站。设有与生产制造紧密相关的研发平台，包括微生物、合成、酶工程、制剂、创新药等多个领域的研发所和药物筛选、菌种鉴定保藏、仪器分析、信息中心、EHS分析等中心，为新产品、新工艺开发到产业化提供了无缝衔接。同时还设置了项目管理部、知识产权部、药品注册部、维修保养等配套职能部门，共建有60多个单元实验。
海正在上海、杭州等地建有研究所，专门从事研发工作。研发领域涵盖生物技术、化学合成、微生物发酵等系列原料药及制剂的研究开发，产品涉及抗肿瘤、降血脂、抗感染、内分泌调节、免疫抑制剂、抗抑郁等多个治疗领域。在产品研发中不光依靠自己的力量，还广泛地与国内外科研机构、领先的制药同行在药物发现、制造工艺开发、药物临床研究等领域进行共同研发，积极应对在全球医药产业格局变化下所带来的机遇和挑战。
以科学发展观为指导，贯彻“自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来”的科技发展方针，按照“着眼长远发展、优化整体布局、完善体制机制、提升创新能力”的总体原则，将面向市场，立足药业，不断增强研发中心在公司内的牵动、先导和辐射作用。
凭借对海正研发平台的持续投入和不断升级，以及"企业爱才，取之有道"的人才激励政策，海正汇聚了众多有志于从事制药工业的国内外优秀人才，同时自主培养出大批专业研发人员，形成了多元化、多渠道的人才战略体系。
目前，公司已集聚了一批学术水平高、富有进取精神的复合型优秀研究人员，让科技人员引领海正优化产业支撑战略。海正拥有技术研发人员600多人，其中本科以上学历人员占总数的80%。公司被浙江省人民政府命名为"海外高层次人才创新创业基地"，公司创新团队被评为"浙江省科技创新团队"。拥有一批国内外科学家作为本中心的技术支持，为海正技术的创新起到支撑作用。
在国内拥有专业的法律机构，在美国、英国、德国等聘请了专业律师事务所，为海正的专利保护提供了强有力的法律保障。另外，公司拥有一批国内外的专利方面的专家为海正提供专利服务，结合国内外的专业法律机构，构成了海正知识产权保护网络。
目前，专利申请应经覆盖的国家和地区包括美国、欧洲、澳大利亚、日本等。专利申请内容涉及创新化合物、化合物新晶型、合成新工艺、新用途、新药物组合物等多个方面。
